Disa nga liderët politikë në Maqedoninë e Veriut nuk e duan iniciativën e shengenit ballkanik. Kreu i Aleancës për shqiptarët, Ziadin Sela duke sjellë në vëmendje zhvillimet më të fundit ne Tiranë dhe Ohër, tha se projekti është një skandal dhe padrejtësi për të gjithë rajonin.
Lideri i Aleancës për shqiptarët i kujtoi gjithashtu kreut të ekzekutivit shqiptar se projektet për rajonin nuk duhet të nisin nga Tirana dhe Beogradi, por nga Prishtina.
Zijadin Sela e konsideron bashkëpunimin rajonal në kuadër të shengenit ballkanik si rrugën më të lehtë që Rusia të ulet këmbëkryq në rajon.
Edhe partitë e tjera shqiptare në Shkup janë shprehur kundër shengenit ballkanik duke e quajtur atë të pakuptim në një kohë kur fqinji serb nuk e njeh Kosovën si shtet.
