Ishin vitet 2005-2006 kur skuadra e Elbasanit e drejtuar nga tekniku Ilir Daja e me emra si Dede, Bejzade, Dalipi, Kotorri, Nora, Vrapi, Osja etj shkruante historinë duke festuar titullin e dytë kampion.
Një sezon i paharrueshëm kulmuar me një sukses që e ktheu qytetin të gjithin në festë.
Mirëpo sot, 15 vite me vonë, kanë mbetur vetëm kujtimet e një historie të lavdishme, pasi klubi po kalon momentet më të errëta në histori. Problemet e mëdha financiare dhe mosmarrëveshjet e aksionereve me bashkinë bënë që kjo skuadër të përfundonte në kategorinë e dytë duke rrezikuar edhe shkrirjen e plotë.
Për shkak të zgjatjes në kohë të gjyqeve mes disa palëve për aksionet në ekip, bashkia e Elbasanit vendosi të krijojë një ekip të ri të quajtur Akademia e Futbollit Elbasani me kapital tërësisht publik, një skuadër e re por me ide të qarta për të ardhmen.
Në një intervistë për Vizion Plus, drejtori teknik i klubit, Elton Guranjaku u shpreh se edhe pse vështirësitë janë të mëdha, synimet janë maksimale.
Ish-futbollisti i Elbasanit, sot në rol drejtues, theksoi se skuadra po kompletohet dhe pjesa më e madhe janë futbollistë vendas.
Rrugëtimi i AF ELBASANIT në futbollin shqiptar do të fillojë nga Kategoria e Tretë, njësoj siç ndodhi me AF Luftëtarin e Gjirokastrës.
